创新中心实行理事会治理下的主任负责制，理事会成员由各高等教育利益相关方构成。设有国际专家咨询委员会，为中心工作与战略规划提供专业建议。设有四个主要工作部门，分别为国际网络教育学院（IIOE）运营中心、国际伙伴项目部、知识生产与传播中心和行政部。
历任理事会理事长
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吴以环2016年6月-2017年11月 -
高自民2017年11月-2018年10月 -
王立新2018年10月-2020年5月 -
聂新平2020年5月-2021年6月 -
杨学明2024年12月-今
理事会成员
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王端瑞香港工商总会会长、伟东-德莫斯集团董事长 -
陈十一 （历任）时任南方科技大学校长 -
程建钢创新中心教育技术顾问，清华大学教育研究院教授
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林质彬国际网络教育学院（IIOE）首席专家，香港教育大学讲席教授，南方科技大学高等教育研究中心访问教授
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陈秋明（历任）时任深圳市教育局局长 -
陈一丹（历任）腾讯公司主要创始人、腾讯基金会发起人兼荣誉理事长、一丹奖创办人、武汉学院创办人 -
李铭创新中心创始主任 -
梅彦昌（历任）时任新加坡国立大学常务副校长 -
秦昌威中国联合国教科文组织全国委员会秘书长 -
唐虔联合国教科文组织前教育助理总干事 -
Shahbaz Khan联合国教科文组织北京办事处主任
中心领导
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金李主任 -
毕小涵副主任 -
潘峰副主任 -
李铭IIOE秘书处秘书长 -
韩蔚IIOE秘书处常务副秘书长
中心顾问
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巴殿君东北亚地区顾问 -
程建钢创新中心教育技术顾问，清华大学教育研究院教授
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段鹏国际教育顾问 -
韩锡斌创新中心教育技术顾问，清华大学教育研究院教授、副院长 -
蓝海青亚洲区产学合作顾问 -
刘作奎中东欧地区顾问 -
李绍先创新中心阿拉伯地区项目顾问，宁夏大学中国阿拉伯国家研究院院长 -
林质彬国际网络教育学院（IIOE）首席专家，香港教育大学讲席教授，南方科技大学高等教育研究中心访问教授
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孙岩峰拉美和加勒比地区顾问，中国现代国际关系研究院拉美研究所副所长 -
申晓力创新中心首席文化官，深圳广播电影电视集团首席编导，《凤凰都市》杂志总编辑 -
汤敏产学研顾问
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吴宝峰国际教育顾问 -
王玉荣国际教育顾问 -
许利平东南亚地区项目顾问 -
杨恕中亚地区顾问，兰州大学中亚研究所所长 -
赵建华创新中心高级专家，南方科技大学未来教育研究中心副主任 -
左小蕾产学研顾问
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祝智庭创新中心特聘顾问，华东师范大学终身教授
部门负责人
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薛峰国际网络教育学院(IIOE)运营中心负责人（兼主任助理） -
苏睿知识生产与传播中心负责人 -
徐明顺行政部负责人 -
曹子安国际伙伴项目部负责人
组织架构
